A microbiota intestinal humana exerce um papel importante tanto na saúde quanto na doença

E em alguns aspectos, a manutenção de uma microbiota saudável se assemelha a cuidar de um jardim. Por vezes, intervenções graves podem levar à degradação total deste ecossistema, como por exemplo, através de doenças e/ou pelo uso de antibióticos. Embora seja possível a recuperação espontânea, não é garantido que ela ocorra em todos os casos. Devido a isto, várias estratégias podem ser utilizadas para restaurar este ecossistema: probióticos, prebióticos ou até mesmo transplantar o ecossistema microbiano inteiro, por exemplo, a partir de uma amostra de fezes e um processo denominado transplante fecal.
Estas estratégias podem estar associadas a suplementação da dieta com carboidratos não-digeríveis (prebióticos) que são benéficos, porque estimulam seletivamente o crescimento e a atividade de uma ou mais espécies bacterianas no cólon. Outra forma de recuperação ou fortalecimento deste ecossistema intestinal seria através da ingestão de microorganismos vivos, administrados em quantidades adequadas e que conferem benefícios à saúde do hospedeiro (probióticos). Os probióticos em sua maioira pertencem aos gêneros Lactobacillus, Bifidobacterium e Bacillus. Entretanto em alguns caso graves de diarréia crônica é necessário lançar mão de uma medida capaz de restaurar a complexa microbiota intestinal por completo  e neste caso transplante fecal é uma opção terapêutica.
A maioria das pessoas já ouviu falar sobre probióticos e prebióticos, mas poucos conhecem algo sobre transplante fecal. Apesar de poucas pessoas conhecerem esta técnica, o transplante fecal não é uma prática nova. O primeiro caso foi descrito por Eiseman e colaboradores em 1958, e a descrição do segundo ocorreu em 1981 por Bowden. Hoje este tipo de terapia é utilizada por vários especialistas com sucesso, sem quaisquer efeitos adversos. Desde então, existem muitos relatos de transplantes de fezes através de colonoscopia ou sonda nasogástrica, e a maioria destes procedimentos estavam relacionados a utilização desta técnica no tratamento da infecção por Clostridium difficile, para o restabelecimento da microbiota após a infecção. Um dos principios do método do transplante fecal é que nem todos os microorganismos da microbiota podem ser isolados e cultivados em laboratório.
Recentemente, 19 pacientes infectados por C. difficile foram submetidos a um transplante de fezes e permaneceram livres da doença por até quatro anos. Este resultado sugere que esta terapia pode ser benéfica para o tratamento desta doença, e segundo outros trabalhos é eficaz no tratamento de outros tipos de gastroenterites. Já existem estudos  que relatam que o uso progressivo de antibióticos contra C. difficile e outros microorganismos também é capaz de afetar negativamente a  microbiota e sugerem que a recolonização do trato intestinal por uma nova microbiota pode ser empregada através do transplante.
Em outro estudo sobre o tema, foram utilizadas técnicas moleculares a fim de reconhecer os grupos microbianos bioindicadores de uma microbiota ‘saudável’ ou ‘doente’. Este estudo descreve o efeito de uma bacterioterapia através de um transplante fecal em pacientes com diarréia a fim de restabelecer a microbiota do cólon. Neste estudo, Firmicutes e Bacteriodetes não foram encontrados nos indivíduos doentes e dias após o transplante já foi possível ver reestabelecimento da microbiota e a recuperação do quadro clínico.
Vale a pena lembrar que o entendimento sobre o efeito da aplicação desta técnica parte de princípios ecológicos como interações entre hospedeiro e microorganismos. Portanto, estudos sobre a composição, a diversidade e a função de comunidades microbianas intestinais são importantes para elaborar estratégias para tratamentos futuros.
O Transplante fecal, embora pareça ser uma abordagem estranha para os leigos, pode ser uma boa opção de tratamento e tem a capacidade de restabelecer a microbiota intestinal saudável. Por mais desagradável que possa parecer.
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