O processo de redução da inflamação na DII está na era dos biológicos e das pequenas moléculas para uso oral. 
 
Segundo o professor doutor do Departamento de Gastroenterologia da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP), Aderson Damião, biológicos podem atuar em três frentes: na redução de citocinas, na redução do processo inflamatório e no uso de pequenas moléculas de ação intracelular. Também existe a possibilidade de fazer diferentes associações, como terapia convencional seguida de biológico e vice-versa, ou combinação de anti-TNF e anti-integrina, ou biológico mais as pequenas moléculas orais. Para a diretora do Crohn’s and Colitis Center da Universidade de Miami, professora Maria T. Abreu, o uso de imunossupressores e biológicos é um casamento feliz, pois um complementa o outro. O médico Mark Silverberg, da Universidade de Toronto, no Canadá, afirma que os biológicos diminuíram as cirurgias e hospitalizações, mas é necessário fazer um balanceamento entre os benefícios e riscos, como efeitos colaterais e custos. 
 
Já o transplante fecal ou terapia microbiota fecal (TMF) é considerado uma medida de emergência para o tratamento de várias perturbações gastrointestinais e metabólicas, tem se mostrado eficaz no tratamento da infecção refratária por Clostridium difficile e há relatos de casos bem-sucedidos em DII. O professor doutor Francisco Javier Bosques Padilla, do University Hospital J.E. González, Universidad Autonoma de Nuevo Leon, do México, afirma que estudos clínicos bem desenhados mostram estratégias que permitem avaliar melhor a TMF em DII. A questão chave é até que ponto a microbiota pode ser alterada de forma permanente e quais os elementos responsáveis pela sua eficácia. “Compreender os fatores que explicam esta eficiência permitirá, eventualmente, conduzir ao desenvolvimento de fezes artificiais para eliminar o risco infeccioso e o desconforto de terapia baseada em fezes”, pontua.  
 

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